Верно: Главное сырье в пекарне, конечно же, мука.
Предложение построено неудачно, так как может быть воспринято буквально. Можно вставить в предложение имя: Пока Иван Иванович, правая рука начальника, встречал гостей...
Верно: Тесто замешивают из равного количества муки и яиц.
Пишется раздельно.
Кавычки не нужны.
Запятая ставится.
Правильно: Из муки первого, второго, высшего сорта.