Запятые не ставятся, если имеется в виду "в качестве депутатов".
Правильно: Утерянный паспорт, выданный УВД города Ноябрьска Ямало-Ненецкого автономного округа Тюменской области.
В первом предложении корректно с запятой, во втором – без запятой.
Уместнее использовать выражение «От городского округа...».