Ошибки нет, здесь возможна смысловая запятая (при пояснении).
Глухой как сивый мерин – искажение (сознательное или неосознанное) фразеологического оборота врет как сивый мерин. Врать как сивый мерин – нагло, беззастенчиво врать. А со словом глухой употребляются другие обороты: глухой тетерев, глухая тетеря.
Корректно: «Герман, сын Германа».
Слово Берлин лучше написать в скобках: Анна Фогель (Берлин) разработала методику...
Верно: извещение полковника Ивановой А. А.
Верно: Махмутов М. А.
Постановка этих запятых не требуется.