Верны оба варианта.
Правильно: местонахождение здания.
Общая рекомендация — оформлять такие сочетания как описательные обороты, то есть писать без заглавных букв. При этом заметим, что нельзя исключить возможность их написания с прописной как устойчиво употребляемых усеченных названий.
Предпочтительно раздельное написание, поскольку прилагательное в данном случае выступает в роли сказуемого.