Правильно: заведующая Марина Владимировна.
Корень превосход-, суффиксы -и-, -тель-, -ств-, окончание -о.
Нет, эти слова этимологически не связаны друг с другом. Преисподняя заимствовано из старославянского языка, где преисподний «самый низкий» < исподьний «нижний» < исподъ «низ». Ср.: исподнее — «нижнее белье».
Об этом подробно в «Письмовнике»:
Допустима и форма именительного падежа прилагательного, и форма родительного падежа: три торговые марки итри торговых марки, две торговые сети и две торговых сети.