Первый вариант предпочтителен.
Написание правильно, если официальное название музея – Мемориальный музей космонавтики. Если же прилагательное московский входит в официальное название музея, то правильно: Московский мемориальный музей космонавтики.
Правильно: великий князь Московский. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? – 7-е изд., перераб. и доп. М., 2005.
Верно: Мероприятие пройдет в городе Московском, мероприятие пройдет в Московском.
Правила склонения см. в "Письмовнике".
С прописной буквы пишется только первое слово названия: Центральный московский ипподром.