Написание правильно, если официальное название музея – Мемориальный музей космонавтики. Если же прилагательное московский входит в официальное название музея, то правильно: Московский мемориальный музей космонавтики.
Правильно: московское «Динамо».
Словарь допускает оба варианта употребления.
Первый вариант предпочтителен.
Да, правильно: над Жуковским.
Правильно: великий князь Московский. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? – 7-е изд., перераб. и доп. М., 2005.