Нормативно: на Кубани. Это исторически сложившийся вариант предложного управления.
Во избежание разночтений и грамматических дилемм в деловом (судя по всему) тексте рекомендуется сопроводить наименование родовым словом и с ним согласовывать сказуемое, например: Компания «Кубань – Промышленные инновации» выходит в перспективную рыночную нишу.