Верно: Где они появились впервые, точно неизвестно.
Правильны обе фразы.
Возможно как слитное, так и раздельное написание в зависимости от смысла.
Запятая нужна.
Смысл предложения неясен, так что, скорее всего, оно составлено неверно.
В зависимости от смысла НЕ с краткими прилагательными пишется то слитно, то раздельно. В приведенном примере предпочтительно слитное написание (утверждается недовольство).