С полными формами причастий отрицание не пишется раздельно, если при них имеются зависимые слова. Верно: не принятые, не оцененные современниками идеи.
Такой оборот не является речевой ошибкой.
Пунктуация корректна. Лучше: осуществляет полный цикл.
Да, запятая нужна (обособляется определительный оборот воплощенные в новом качестве).