Слова таким образом обособляются как вводные в значении 'итак', 'следовательно' и не обособляются в значении 'таким способом'. Пунктуация зависит от смысла предложения.
Выбор частицы зависит от смысла и строят предложения. Например, верно: Каким бы ни было утро, кофе всегда настроит меня на рабочий лад.
В Вашем примере пунктуация также зависит от смысла: Таким образом, выявленные нарушения могут повлиять на достоверность отчетности (=следовательно, нарушения могут повлиять) или Таким образом выявленные нарушения могут повлиять на достоверность отчетности (=таким способом нарушения могут повлиять).