В обоих случаях правилам соответствует написание с заглавных букв (Красный Перекоп, Щегловская Засека).
Правильно: пылевлагозащитный, пыле- и влагонепроницаемый.
Название озера — Лох-Несс. Поэтому употреблять образованное от названия прилагательное вместе со словом озеро некорректно. Это примерно то же самое, что сказать «байкальское озеро».
Вы написали верно: все слова с не в этом предложении пишутся слитно.