Да, правильно: над Жуковским.
В обоих случаях кавычки не требуются, если речь идет о неофициальном, разговорном употреблении. При официальном наименовании используется прописная буква: Вторая линия.
Лучше: в городе Жуковском.
Такая пунктуация возможна.
При написании названий линий как систем защитных укреплений, редутов можно ориентироваться на зафиксированные в орфографических словарях названия линия Маннергейма (Орфографический академический ресурс «Академос»), Багратионовы флеши (Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011). В составном наименовании корректно писать первое слово с прописной буквы: Швейцарский национальный редут.
Лилия, Лилии, Лилии, Лилию, Лилией, о Лилии.
Правильно: согласно чему - согласно справке?
Лучше использовать форму единственного числа сказуемого: происходит.
При отсутствии противопоставления и интонационно подчеркнутого отрицания слитное написание корректно.