Корректно: Заведующий кафедрой такой-то, председатель ОО "Инициатива" доктор математических наук, профессор Иван Петухов рассказал /.../. Обратите внимание: поставленные рядом должности, ученая степень, звание утяжеляют текст, поэтому  предложение лучше перестроить.

Правильно: Мы шли проливом Босфор. 

В непринужденной речи уместен вариант доктор сказала. В официальных текстах следует использовать форму мужского рода. Подробнее см. в "Письмовнике".

Да, распространенное приложение после имени собственного следует выделять запятыми: Доктор Дикуль, главный ортопед страны, сказал...

Кавычки не нужны, однако все слова в таких прозвищах пишутся с большой буквы.

Тире нужно, наречие очень не влияет на пунктуацию.

Осмотр - 1) от осмотреть; 2) контрольное обследование.

Досмотр (спец.) - проверочный осмотр.

Гарантировать от чего-либо - ошибочное сочетание. Можно исправить на: не гарантирует безопасности; не защищает от теракта.