Ответы на вопросы 1, 2 ищите в словарях (Вам поможет окно «Искать на Грамоте» на нашем портале.
3. Чётких правил ударения в русском языке нет, поэтому доказывать следует также с помощью словарей.
В словарях русских личных имен (см., например: Суперанская А. В. Словарь личных имен. М., 2013) указывается, что это варианты одного и того же имени. Даниил – церковная форма, Данила – гражданская (светская). Но юридически это разные имена: если у человека в одних документах имя будет указано как Данила, в других – как Даниил, придется доказывать, что речь идет об одном человеке. Написание должно быть единообразным.