Если делается пауза, тире нужно. Без паузы тире можно не ставить.
Корректно без кавычек: Красная книга России.
Оба варианта правильны.
Форма множественного числа от дно – донья, от днище – днища. У лодки может быть и дно, и днище, поэтому возможны оба варианта.