В подобных случаях предложение как вы думаете по значению аналогично вводным словам типа по-вашему. Его уместно выделить запятыми с двух сторон: Если да, то, как вы думаете, присутствует ли комизм ситуации?

При обычной интонации правильно: И радуешься, очень радуешься тому, что ты сейчас в городе, а не в деревне. Д. Э. Розенталь пишет: «Но если после повторяющегося слова или словосочетания с ним при чтении делается пауза, то после него ставится запятая и весь оборот оказывается выделенным с двух сторон запятыми (иногда — тире)». Таким образом, возможно: И радуешься — очень радуешься — тому, что ты сейчас в городе, а не в деревне.

В непринужденном устном общении такие фразы встречаются. Несмотря на необычный порядок слов, часть что там как не перестает от этого быть придаточной частью, которую нужно выделить запятыми с двух сторон; при этом главная часть к придаточной, присоединенной союзом чтобы, находится, по всей видимости, в предтексте, сравним: Да, он туда ходил. Посмотреть, что там как, чтобы. Если текст предназначен для визуального восприятия (а не для актерского исполнения, например) и не требуется передать чью-то устную речь дословно, порядок слов в предложении лучше изменить, сделав более привычным, — так оно легче читается.

Пояснительный оборот, вводимый союзом или, нужно выделить с двух сторон: Золотистый каранкс, или голубой каранкс (лат. Caranx crysos), — вид морских лучеперых рыб.

Предложение оформлено корректно. Сочетание раб Бога и Господа Иисуса Христа представляет собой поясняющее приложение к имени собственному Иаков и выделяется с двух сторон запятыми.

Сочетание не сомневаюсь нужно выделить как вводное — с его помощью говорящий выражает высокую степень уверенности в сообщаемом. С точки зрения синтаксиса приведенный пример интересен тем, что это вводное сочетание находится внутри другой вводной конструкции — предложения как вы знаете, указывающего на источник сообщения: ...как вы, не сомневаюсь, знаете...

Поясняющее приложение одним из немногих разработчиков подобных систем должно быть выделено с двух сторон. Кроме того, для лучшего восприятия предложения желательно, если есть такая возможность, изменить порядок слов: Кстати, электронно-лучевая пушка произведена томской фирмой ТЭТА — одним из немногих разработчиков подобных систем — и отличается высокой надежностью.

Здесь вводное сочетание находится не в начале и не в конце обособленного оборота (сравним без него: спасибо за доклад), поэтому выделяется запятыми с двух сторон. P. S. А почему умный в кавычках?

Приложение капитан 1 ранга, обозначающее воинское звание, не однородно приложению, обозначающему должность (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), поэтому в предложении не требуются знаки препинания: Начальник АХТО Аркадий Тимофеевич Иванов и начальник отдела военно-политического управления Балтийского флота капитан 1 ранга Артём Валерьевич Петров высказались о важности проводимого мероприятия.

Запятая перед тире ставится, если перед тире заканчивается обособленный оборот (причастный, деепричастный и др.) или придаточное предложение. В Вашем примере запятая перед тире нужна: ...понадобится номер телефона, который вы указали при покупке, — всё проверим и поможем разобраться. В этом случае выделяется с двух сторон запятыми придаточное предложение который вы указали при покупке.