Правилен первый вариант.
Сказуемое согласуется с тем словом, которое употребляется перед кавычками: ГП направило... Ср.: кинотеатр «Победа» открылся.
Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно: ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...
Это предложение с однородными сказуемыми (сироты и должны заботиться), соединенными союзом и. Поэтому перед союзом не ставится запятая.
Слово сейчас относится только к первой части сложного предложения, поэтому запятая нужна.
Запятые не требуются.