Корректно: Маленькая, плотная положительно заряженная структура в центре атома.
"Привнести туда, где ее нет" - не ошибка.
Запятая не ставится.
Определение или уточняющий оборот.
Этот раздел справочника составлен не на основе "использованной литературы" (но, конечно, с учетом имеющегося лексикографического опыта).