Общепринятая расшифровка аббревиатуры ГРЭС – государственная районная электростанция. Какие есть основания считать "новую" расшифровку узаконенной? Такая расшифровка встречается в официальных документах?
Мы бы не склоняли...
Оборот в связи с этим обособлять не нужно. Если второе полугодие 2016 г. – это и есть отчетный период, то лучше так: В связи с этим ввод данных в ГАС Управление за следующий отчетный период (2-е полугодие 2016 г.) станет доступен с 01.01.2017.
Толкование зависит от контекста. Например, если перед приведенным отрывком стоит слово можно, то разрешается выбирать из двух критериев. Если стоит слово необходимо, то следует учитывать оба критерия.