Это сложное предложение, запятая перед и нужна.
Правильно: Ты не прополол вовремя сорняки, и теперь они мешают расти репке.
Ставится запятая перед союзом. Предложение сложноподчиненное.
Нет, таким образом гласную а проверить нельзя, это непроверяемая гласная.
Запятая не нужна. Союз да и употреблен здесь в соединительном значении.