Да, такой вариант допустим. Хотя предпочтительно использовать кавычки разного рисунка: ЗАО «Торговый дом "Рыжий хвост"».
Такое слово неупотребительно.
Не ставится запятая перед заключительным тире.
Правильно: район Нагатинский Затон. Но: Нагатинский затон – о самом затоне.