Указанный причастный оборот следует выделить запятыми.
Запятая, закрывающая придаточное предложение, нужна.
Наречие опять-таки не требует постановки знаков препинания. Опять же обособляется как вводное при употреблении в начале предложения или части сложного предложения. В приведенном Вами предложении запятые не нужны.
Запятая нужна. Что к чему – неполное придаточное предложение.