Да, в этом слове выделяется приставка наи-.
Корректно: окно выходит на задний двор.
Верно: во всплывающем окне.
Запятая не ставится.
Пожалуйста, приведите конкретный пример.
Деепричастный оборот обособляется по основному правилу: А выходить в открытое море стоит, уже обладая определенными навыками.