Возможны оба варианта. Раздельное написание подчеркивает отрицание.
Правильно: выпить (все) молоко и выпить (немного, много, мало...) молока.
Допустимо: выпить чая, выпить чаю, выпить (весь) чай. Вариант выпить чаю более употребим в разговорной речи.
Устойчивое сочетание: внести предоплату. Можно сказать и осуществить предоплату.
Винительный падеж обозначает полный охват объекта действием, определенное количество, а родительный падеж - распространение действия на часть объекта.
Возможны оба варианта: выпить чаю, прибавьте мне салату (в разговорной речи) и выпить чая, прибавьте мне салата (стилистически нейтральный, общеупотребительный вариант).
Указанная запятая не нужна.
Запятая нужна, так как это предложение сложноподчиненное.