Кавычки могут быть использованы.
Все формы слов приводятся в "Грамматическом словаре" А. А. Зализняка. В большинстве других словарей принято указывать, кроме начальной формы существительного, также форму родительного падежа единственного числа. Если существительное имеет ударное окончание А, Я во мн. ч. им. п., то это специально оговаривается. Форма на И, Ы считается стандартной, поэтому она обычно не приводится в словарях (именно поэтому там нет формы орехи).
Правильно: заменить что чем: заменить старое оборудование новым.
Корректно только со строчной: Мясо птицы, фасоль, орехи — источник цинка.