Возможно и слитное, и раздельное написание.
Правильно: Что такое воспоминания и как мозг хранит их? Запятая не ставится, поскольку части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией.
Вариант с вопросительным знаком в середине предложения и последующей строчной буквой не соответствует современной пунктуационной норме.
Допустимы оба варианта, однако "типографские услуги" - употребительнее.