Корректно: ПЭТ-бутылка. Пишутся через дефис сложные слова с первой частью – буквенной или звуковой аббревиатурой.
Запятая поставлена правомерно.
Слова по требованию не являются вводными и не требуют обособления.
Однако обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей, для смыслового выделения или попутного пояснения могут обособляться. Таким образом, в Вашем примере запятая может ставиться, но вовсе не обязательна.
Лучше: стояло три бутылки.
Нормативные словари указывают для этого выражения только ударение пить из го́рла, однако словари разговорной речи фиксируют формы с/из горла́.
Постановка запятых не требуется.
Лучше написать без местоимения: Внешний вид бутылки может отличаться от изображения в данном материале. Если это невозможно, то верно: ее.