Да, склонение мужской фамилии Бочай обязательно. Женская фамилия не склоняется.
Правильно: товар в наличии.
От котироваться (цениться каким-л. образом) правильно: котировочный.
Если нет противопоставления, то обычно уместно слитное написание.
Правильно: Бондару. Форма Бондарю была бы верной, если бы фамилия в именительном падеже звучала так: Бондарь.
В первом варианте, действительно, при желании можно найти двоякий смысл. Поэтому лучше использовать второй вариант.
В этом случае склоняются обе части: товара-эквивалента.
Первая часть сложных слов эко... пишется слитно: экотовар.