Слово "город" требуется только в канцелярской речи (в город Анапу).
В России используется вариант Алма-Ата, в Казахстане принят вариант Алматы. См. также ответ на вопрос № 296089.
Нужны, если это название автобуса. Ср.: автобус, следующий по маршруту Анапа — Москва.