Запятую нужно поставить.
Верен второй вариант.
Пишется слитно, постановка кавычек возможна.
Корректно: Этот принцип не только независим, но и первичен в порядке вещей, потому что, хотя некая возможность и предшествует данному состоянию действительности, сама эта возможность возникла из предыдущего состояния.