Следует либо поставить еще одну запятую, либо одну убрать. Возможные варианты: Важно помнить, что, несмотря на свои потенциальные полезные свойства, темный шоколад содержит... и Важно помнить, что несмотря на свои потенциальные полезные свойства темный шоколад содержит...
Да, следует писать с двумя Н.
Запятая нужна.