Союзная конструкция: не только... но и.
Верен третий вариант.
Слово шасси не склоняется, но употребляется и в единственном, и во множественном числе: широкое шасси; у этих автомобилей разные шасси.
Запятая не нужна, так как две однородные придаточные части связаны союзом не только..., но и...
В обоих случаях нужна частица НЕ.