В подобных случаях в книжно-письменных стилях (особенно в строгой официально-деловой речи) сказуемое ставится в форме мужского рода. Но если важно подчеркнуть, что начальник отдела — женщина, можно использовать форму женского рода.
Петр, прописных букв явно слишком много.
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
Правильно: зав. отделом.
Правильно: отдел маркетинга.