Корректно: выдана справка о том, что...
Второй вариант корректен.
Слово Альянс пишется с прописной буквы, если это слово употребляется вместо полного наименования соответствующей организации.
Слова в том числе не являются вводными. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Постановка знака препинания зависит от контекста, однако в большинстве случаев соответствующие обстоятельства (времени и места) не будут однородными и не будут обособляться.