Лучше: Неэффективные и отключенные из-за низкого CTR фразы уточняются системой.
Тире уместно.
В предложении «Когда ты яркий цветочек» знаки препинания не требуются.
Словарями современного русского языка слово який не фиксируется, хотя употребления в речи найти можно. Известен фразеологизм всякий-який.
В современном языке это слова с разными корнями.