Правильно через дефис: экс-сотрудник ЦРУ.

Да, все верно.

Да, склоняется.

Буквенные аббревиатуры читаются по названию букв: [эсэсэсэр], [пээмэс], у аббревиатуры ТСЖ закрепилось произношение [тэсэже].

Эта аббревиатура несклоняемая.

СМС - сокр. от англ. Short Messaging Service — «служба коротких сообщений».

Такая замена неудачна. Содержимым мы называем что-то вещественное, толковые словари иллюстрируют слово содержимое такими примерами: Содержимое папки. Вытряхнул на стол всё содержимое кошелька. Содержимое чемодана. Содержимое желудка. Судорожным, мгновенным движением он опрокинул содержимое [стакана] в рот. [Тульчинский] знакомится с содержимым толстых папок, которые были ему вручены в столице.

Правильно: СМС (кириллицей, прописными). Но: эсэмэска (при передаче разговорной речи).

Да, именно так.

Правильно: Вице-президент компании «Нефтьтрансгаз». Вице-президент – название должности; приставка здесь не относится к сочетанию слов, как в примере экс главный редактор.