Предлог изо употребляется: 1) перед формами родительного падежа слов лев, лёд, лён, лоб, ложь, мох, ров, рожь, рот: рубашка изо льна; 2) в устойчивых сочетаниях изо дня в день, изо всех сил. В сочетаниях со словами всего, всей, всех употребляются оба предлога - из и изо: дует из всех щелей и изо всех щелей.
Правильно: им руководит.
Самый быстрый способ узнать - посмотреть в электронных словарях.
Устойчивое выражение: Шила в мешке не утаишь.
В словарях "художественное" слово изо - только как первая часть сложных слов: изостудия, изокружок. В значении "изобразительное искусство" самостоятельное слово изо имеет разговорно-просторечную окраску.
Правильно: изделие изо льна.
Действительно, первый вариант допускает двоякое толкование. Фразу следует перестроить, руководствуясь логикой.
Предложенный Вами вариант корректен.