Склоняется вторая часть названия. Правильно: в Куала-Лумпуре.
Возможно так: Эти конференция и курс были одобрены. Эта конференция и этот курс были одобрены. Эта конференция была одобрена (этот курс был одобрен).
Верно: конференция продлится.
Правильно: Берн.
Корректно: клинико-патолого-анатомическая конференция.
Слово Всероссийский пишется с прописной буквы как первое слово названий организаций, обществ, мероприятий и т. п.: Всероссийский выставочный центр, Всероссийская государственная телевизионная и радиовещательная компания, Всероссийская конференция «Шаг в будущее». Во множественном числе верно написание со строчной: участвовали во всероссийских конференциях.
См. в «Словаре трудностей».
Правильно: 39-й конференции.
Такое сочетание можно употребить, если Вы уверены, что оно будет понятно читателю.