Правильно: уплатить штраф.
Корректно: авиабилет по маршруту Сургут – Москва – Санкт-Петербург.
Правильно: заплатить за проезд; оплатить проезд.
Оба варианта верны.
Верно: оплатить аренду имущества, внести арендную плату за имущество.
Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени...
Можно оплатить счет, заплатить по счету.
Запятая не нужна.
Верно: в течение трех дней.
Все три варианта корректны. Выбор может зависеть от ситуации и контекста.