Оба варианта корректны. Запятая ставится, если слова с учетом НДС выступают в роли попутного замечания, пояснения (и выделяются интонацией).
Запятая после скобок нужна.
Запятая не нужна.
Очевидно, что в договоре допущены пунктуационные ошибки. Расстановка знаков препинания в этом виде противоречит здравому смыслу.