Корректно: двухэтажка, двухэтажный (2-этажный).
Это сочетание лексически избыточно, слово главный здесь лишнее.
Все три варианта возможны.
Правильно: 16-этажный дом.
В сочетании самый главный можно увидеть лексическую избыточность (главный — это уже самый важный, основной). Тем не менее сочетание это не ошибочно, оно широко используется и в живой речи, и в художественной литературе (как в классических, так и современных текстах). Слово самый здесь добавляет экспрессии, так что оно не лишнее.
Правильно: 2-этажный дом.
Да, это пары родственных слов.
Корень этого слова имеет чередующиеся гласные и (читать) и е (прочесть), которые чередуются еще и с нулем звука (чтец, чтиво). В общеславянском языке звук и в этом корне чередовался со сверхкратким гласным звуком. В древнерусском языке этот гласный перестал произноситься в безударной позиции. Так возникло чередование с нулем звука.