Инициальные аббревиатуры, оканчивающиеся на твердый согласный и имеющие опорное слово мужского рода, последовательно склоняются: работать в ФАПе. Однако склонение аббревиатур такого рода свойственно лишь разговорной речи. 

Лучше бы "фи" написать буквой греческого алфавита, без кавычек.

Второй вариант верен.

Оба варианта возможны, но первый будет означать, что речь идет о нескольких видах чая и сока.

Эта аббревиатура пишется прописными буквами, как и большинство других инициальных аббревиатур.

Запятые нужны, знаки препинания расставлены верно.

Предложение не вполне корректно. Как представляется, процесс регулирования высоты фар сводится к тому, что лампы поднимаются или опускаются до определенного уровня. Возможно, следует составить двучастное сообщение; ср.: Высота фар отрегулирована, лампы подняты вверх.

Правильно: ФАО предоставила 7000 семей продовольственную помощь (существительное тысяча управляет родительным падежом существительного семья); В рамках инициативы была оказана поддержка 17 сетям НПО (числительное семнадцать согласуется с существительным сеть). Подробнее см. в «Письмовнике».