В придаточной части сложного предложения нужно использовать частицу НИ.
Верно: ...он умеет делать ценные, по-настоящему полезные вещи. Это можно рассматривать как предложение с однородными определениями либо с пояснительным определением ('ценные, а именно по-настоящему полезные'). В обоих случаях вторая запятая не нужна.