Вот подробная словарная рекомендация:

уголь, угля, углём; мн.угли, углей (вещество, используемое как топливо); состав с углём; топить углём

уголь, угля, углём; мн.угли, углей, углями, (на) углях и (устар.разг.) уголья, угольев (кусок пережжённого дерева);обжечься углём из костра; быть, сидеть как на угольях (на углях)

уголь, угля, углём; мн. угли,углей, углями (материал для рисования); портрет нарисован углём

Следует склонять только мужскую фамилию Доль.

Сочетание вдоль по нужно рассматривать как единое, оно используется в значении предлога и в этой функции отмечается в толковых словарях. 

Оба варианта правильные.

При перечислении запятая ставится (в знач. "по городу и вдоль озера").

Пунктуационно верно: ...то есть не перпендикулярно линии стебля, а почти паралельно он стоит дольше или меньше?

Вдоль - литературный вариант. Повдоль - просторечие.