Верно написание с двумя Л.
Глагол бежать и соответствующие приставочные глаголы (побежать, забежать и т. д.) в школе называют разноспрягаемыми. Они образуют все формы, кроме формы 3 л. мн. ч., по II спр.: бегу, бежишь, бежит, бежим, бежите; а форму 3 л. мн. ч. – по I спр.: бегут.
См. в пособии Е. И. Литневской.
У глаголов с ударными личными окончаниями спряжение устанавливается по этим окончаниям. Молчать — молчишь, молчит... молчат. Это глагол II спряжения.