Оба варианта верны.
Правильно: школу окончил сорок один ученик.
Корректно: родилась в Орске, в городе Орске.
Такие конструкции распространены в обиходно-разговорной речи, но в нейтральном и тем более официальном контексте их не стоит использовать. Корректно: две тысячи сорок.
Правильно: сорок четыре миллиона. См. здесь.
Правильно: получили по шесть карандашей, дали по сорок рублей.