Лучше: ждем ваших заявок.
Верны первые два варианта.
Правильно: заявка на включение в список.
Правилен первый вариант.
Оба варианта правильные.
В этом предложении дополнительные знаки препинания не нужны.
Первый вариант предпочтителен.
Правильно: в тридцать девять школ-интернатов.