Лучше: по договору.
Правилен первый вариант.
Правильно: со склада.
Ваш вариант пунктуационного оформления предложения корректен.
Да, этот корень можно отнести к чередующимся. См. ответ на вопрос № 267619.
Правильно: пятидесятипроцентная скидка.
Скидка 20 процентов, двадцатипроцентная скидка.
Лучше: скидка на товары из каталога.