Выбор предлога зависит от контекста, например: поехать в НПО, жалоба на НПО.
Да, вторая часть названия склоняется. Правильно: достопримечательности Папуа – Новой Гвинеи.
Мужская фамилия Каплун склоняется, женская – нет. Правильно: от Егора Каплуна.
Предпочтительно не склонять аббревиатуру: соответствует СанПиН.
Да, так сказать можно. Собирательные числительные сочетаются с существительными, называющими парные предметы.
Это конкретные существительные.